爱沙尼亚拥有一些著名的大学，以下是部分知名高等教育机构的列表：
塔尔图大学 （University of Tartu）
建于1632年，是爱沙尼亚最古老和规模最大的国立大学之一。
提供包括神学、法律、医学、哲学、生物和地理、物理和化学、教育、体育、经商管理、数学和信息科学、社会学等多个学科的本科和研究生课程。
塔林理工大学 （Tallinn University of Technology, TUT）
成立于1918年，是爱沙尼亚最大的国立理工类大学。
专注于信息技术、工商管理和工程学等领域。
塔林大学 （Tallinn University）
位于首都塔林市中心，是一所综合性大学。
拥有丰富的学习资源，是波罗的海地区国际性高校之一，与全球多所大学有合作。
爱沙尼亚生命科学大学 （Estonian University of Life Sciences, EMÜ）
专注于自然资源可持续发展、遗产及栖息地环境保护。
提供地球科学与生命科学方面的高等教育。
爱沙尼亚塔林国立理工大学
位于首都塔林，是爱沙尼亚规模最大的国立理工大学。
提供广泛的本科、硕士、博士课程。
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