集美大学目前共有21个教学学院，以下是部分学院的名称及其包含的系（专业）：
1. 航海学院
航海技术
交通运输
物流管理
2. 轮机工程学院
轮机工程
船舶与海洋工程
电气工程及其自动化
船舶电子电气工程
3. 水产学院
水产养殖学
海洋渔业科学与技术
水生动物医学
动物科学
动植物检疫
4. 财经学院
经济学
财政学
金融学
投资学
国际经济与贸易
会计学
5. 工商管理学院
工商管理
市场营销
审计学
旅游管理
电子商务
6. 音乐学院
音乐表演
音乐学
舞蹈表演
7. 美术学院
动画
美术学
视觉传达设计
环境设计
8. 信息工程学院
电子信息工程
电子科学与技术
通信工程
数学与应用数学
计算机科学与技术
9. 计算机工程学院
计算机科学与技术
软件工程
网络工程
信息管理与信息系统
10. 机械与能源工程学院
机械设计制造及其自动化
材料成型及控制工程
机械电子工程
车辆工程
能源与动力工程
建筑环境与能源应用工程
11. 理学院
数学与应用数学
信息与计算科学
应用物理学
自然地理与资源环境
地理信息科学
光电信息科学与工程
12. 外国语学院
英语
日语
翻译
13. 法学院
法学
社会工作
14. 文学院
汉语言文学
汉语国际教育
15. 工程技术学院
港口航道与海岸工程
工程管理
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