明清时期的一些著名高等教育机构包括：
京师大学堂 （北京大学前身）：成立于1898年，是中国近代第一所国立大学，标志着中国近代国立高等教育的开端。北洋大学堂
（天津大学前身）：成立于1895年，是中国第一所近代大学，后改名为北洋大学堂。
船政学堂（福建船政学堂）：成立于1866年，是清朝为培养海军人才而设立的学校。
自强学堂（武汉大学前身）：成立于1893年，是湖广总督张之洞请清政府创办的学校。
广雅书院、 两湖书院、 浙江求是学堂等：这些学堂在清末也享有较高的声誉，为当时中国的高等教育作出了贡献。
教会大学：
如圣约翰大学，在晚清时期由西方传教士在中国创办，为中国的高等教育带来了西方的教育模式。
这些教育机构在培养人才、推动学术研究和传播知识方面起到了重要作用，为中国的现代化进程奠定了基础。