长庚大学的专业设置主要包括以下几个学院和系所：
医学学院
医学系
中医学系
护理学系（四年制大学部、二年制在职进修专班）
医学生物技术暨检验学系
医学影像暨放射科学系
职能治疗学系
物理治疗学系
呼吸照护学系（二年制在职进修专班）
基础医学研究所
微生物及免疫学科
解剖学科
公卫暨寄生虫学科
生化暨分子生物学科
生理暨药理学科
临床医学研究所
医学生物技术研究所
天然药物研究所
复健科学研究所
护理学研究所
临床行为科学研究所
传统中国医学研究所
颅颜口腔医学研究所
工学院
电机工程学系（分为通信组及系统组）
机械工程学系
化工与材料工程学系
电子工程学系
信息工程学系
资讯工程学系
光电工程研究所
生化与生医工程研究所
医疗机电工程研究所
管理学院
医务管理学系
资讯管理学系
工业设计学系
工商管理学系
企业管理研究所/EMBA
此外，长庚大学还提供多个研究所，涵盖广泛的学科领域，为学生提供进一步深造的机会。