当前位于北京市通州区的大学包括：
1. 清华大学 - 通州金融发展与人才培养基地项目计划于2025年竣工，将打造国际化高端人才培养基地。
2. 首都医科大学 - 新校区位于密云云西MY00-0502街区，怀柔科学城东区。
3. 中国人民大学 - 新校区位于通州区潞城镇，占地约2000亩，将建成包括本科、硕士、博士在内的培养层次齐全的新型校区。
4. 北京电影学院 - 新校区已开工建设，并有意向在通州办中学和小学。
5. 首都师范大学通州校区 - 位于北京市通州区，享有高声誉，培养了大量教育人才。
6. 北京工商大学嘉华学院 - 位于通州区，以工商管理和财经学科为主。
7. 北京物资学院 - 以物流、管理和经济学科为特色。
8. 北京财贸职业学院 - 位于北京市，提供高职教育。
9. 北京卫生职业学院 - 位于北京市，提供相关专业教育。
10. 北京工业大学实验学院 - 位于北京市，提供本科教育。
11. 北京工业大学通州分校 - 位于北京市，提供本科教育。
12. 首都师范大学通州分校 - 位于北京市，提供本科教育。
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