南京钟山地区拥有多所高等教育机构，其中包括：
南京林业大学：
位于钟山风景区附近，是一所以林业为特色的综合性大学。
南京理工大学：
与南京林业大学相近，以工科见长。
南京航空航天大学：
同样靠近钟山风景区，以航空航天为特色。
南京师范大学紫金校区：
位于钟山附近，是南京师范大学的主要校区之一。
东南大学：
位于稍远一些的地方，是江苏省内知名的重点综合性大学。
南京大学：
也位于南京市内，是中国顶尖的学府之一。
钟山职业技术学院：
是一所全日制民办普通高校，位于南京市马群街169号。
南京农业大学：
在卫岗校区举办各类学术活动，如钟山学者（新秀）访谈系列活动。
南京中医药大学科技园：
与钟山政务有合作关系，位于钟山地区。
南京钟山学院：
是一所综合性大学，提供多个本科专业和国际化课程。
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