上海历史上著名的教会大学包括：
圣约翰大学：
成立于1879年，是中国首个全英语授课的大学，有“东方哈佛”和“外交人才养成所”之雅称。
震旦大学：
由中国神父马相伯于1903年创办，是中国近代著名高校之一。
沪江大学：
成立于1906年，由美国浸礼会在上海创办。
岭南大学：
成立于1888年，由美国基督教长老会在广东广州创办。
东吴大学：
成立于1900年，由美国基督教监理会在苏州创办。
同德医学院：
成立于1918年，是由中国人在上海自办的一所私立高等医学院校。
这些教会大学在各自的领域有着重要的影响，并在1952年根据中国的教育政策进行了调整，部分学校被撤销建制，其系科被并入其他学校。