日本签证对以下大学有特别的规定：
高度人才签证计划认可的高校
清华大学
北京大学
上海交通大学
其他17所985大学
日本签证1243所大学名单 （部分）：清华大学
北京大学
中国人民大学
其他24所大学
能够享受指定加分的大学
（截至2024年）：
秋田大学
金泽大学
名古屋工业大学
东北大学
东京海洋大学
奈良先端科学技术大学院大学
其他116所大学
其他条件
QS排名、泰晤士THE排名、ARWU世界大学学术排名中，在两个以上排名榜单中获得300位以内的海外大学，或在任意一个榜单上榜上有名的日本大学。
在日本文部科学省实施的超级全球大学创成支援事业中得到补助金的大学。
外务省实施的创新亚洲事业中的合作大学。
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