广东医药大学拥有多个专业，涵盖医、理、工、管、经、文等6个学科门类。以下是一些主要的专业设置：
国家级特色专业
药学
药物制剂
预防医学
广东省特色专业
药学
药物制剂
预防医学
临床医学
中药学
生物技术
护理学
信息管理与信息系统
其他省级专业
制药工程
临床药学
药物化学
药事管理
卫生检验与检疫
临床医学
医学检验技术
口腔医学
生物技术
生物制药
海洋药学
生物工程
护理学
英语
国际经济与贸易
市场营销
人力资源管理
电子商务
物流管理
化学工程与工艺
应用化学
高分子材料与工程
食品质量与安全
数字媒体技术
电子信息工程
生物医学工程
中医学
中草药栽培与鉴定
康复治疗学
健康服务与管理
药物新剂型实验室
本科专业
药学
药物制剂
中药学
中药资源与开发
预防医学
卫生检验
临床医学
护理学
生物科学
生物技术
制药工程
化学工程与工艺
计算机科学与技术
生物医学工程
食品质量与安全
信息管理与信息系统
市场营销
人力资源管理
电子商务
公共事业管理
国际经济与贸易
英语
这些专业中，药学、药物制剂和预防医学是国家级特色专业，同时在广东省乃至华南地区具有显著优势。此外，学校还设有多个省级名牌专业和特色专业，以及众多国家级和省级精品课程，为学生提供了广泛的学术和职业发展选择。