截至2024年，基础学科拔尖学生计划2.0基地高校共79所，包括所有的985大学及部分211大学。以下是各拔尖基地的入选高校：
物理学拔尖学生培养基地 （共32所）：985高校：清华大学、北京大学、复旦大学、上海交通大学、中国科学技术大学、南京大学、浙江大学、西安交通大学、吉林大学、山东大学、南开大学、四川大学、武汉大学、中山大学、北京师范大学、兰州大学、厦门大学、哈尔滨工业大学、北京航空航天大学、天津大学、中南大学、东南大学、华中科技大学、西北大学、中国地质大学。
非985高校：华南师范大学、华中师范大学、山西大学。
生物学拔尖学生培养基地
（共33所）：
985高校：清华大学、北京大学、复旦大学、上海交通大学、中国科学技术大学、南京大学、浙江大学、西安交通大学、吉林大学、山东大学、南开大学、四川大学、武汉大学、中山大学、北京师范大学、兰州大学、厦门大学、内蒙古大学、云南大学。
非985高校：北京林业大学、东北师范大学、华中农业大学、南京农业大学、南京师范大学。
化学拔尖学生培养基地（共30所）：
985高校：清华大学、北京大学、复旦大学、上海交通大学、中国科学技术大学、南京大学、浙江大学、西安交通大学、吉林大学、山东大学、南开大学、四川大学、武汉大学、中山大学、北京师范大学、兰州大学、厦门大学、北京化工大学、福州大学、华东理工大学、西北大学、郑州大学。
非985高校：北京中医药大学、天津中医药大学、南京医科大学、南方医科大学、中国药科大学、沈阳药科大学。
数学拔尖学生培养基地（共29所）：
985高校：清华大学、北京大学、复旦大学、上海交通大学、中国科学技术大学、南京大学、浙江大学、西安交通大学、吉林大学、山东大学、南开大学、四川大学、武汉大学、中山大学、北京师范大学、兰州大学、湘潭大学。
非985高校：东北师范大学、华中师范大学、首都师范大学。
地球相关学科拔尖学生培养基地（共24所）：
985高校：清华大学、北京大学、复旦大学、上海交通大学、中国科学技术大学、南京大学、浙江大学、西安交通大学、吉林大学、山东大学、南开大学、四川大学、武汉大学、中山大学、北京师范大学、兰州大学、南京信息工程大学、西北大学、中国地质大学。
非985高校：无。
医药、心理学相关学科拔尖学生培养基地（共22所）：
985高校：清华大学、北京大学、复旦大学、上海交通大学、中国科学技术大学、南京大学、浙江大学、西安交通大学、吉林大学、山东大学、南开大学、四川大学、武汉大学、中山大学、北京师范大学、兰州大学、北京中医药大学、天津中医药大学、南京医科大学、南方医科大学、中国药科大学、沈阳药科大学。
非985高校：无。
建议：
物理学： 清华大学、北京大学、复旦大学、上海交通大学、中国科学技术大学、南京大学、浙江大学、西安交通大学、吉林大学、山东大学、南开大学、四川大学、武汉大学、中山大学、北京师范大学、兰州大学、厦门大学、哈尔滨工业大学、北京航空航天大学、天津大学、中南大学、东南大学、华中科技大学、西北大学、中国地质大学。 生物学
化学：清华大学、北京大学、复旦大学、上海交通大学、中国科学技术大学、南京大学、浙江大学、西安交通大学、吉林大学、山东大学、南开大学、四川大学、武汉大学、中山大学、北京师范大学、兰州大学、厦门大学、北京化工大学、福州大学、华东理工大学、西北大学、郑州大学。
数学：清华大学、北京大学、复旦大学、上海交通大学、中国科学技术大学、南京大学、浙江大学、西安交通大学、吉林大学、山东大学、南开大学、四川大学、武汉大学、中山大学、北京师范大学、兰州大学、湘潭大学。
地球相关学科：清华大学、北京大学、复旦大学、上海交通大学、中国科学技术大学、南京大学、浙江大学、西安交通大学、吉林大学、山东大学、南开大学、四川大学、武汉大学、中山大学、北京师范大学、兰州大学、南京信息工程大学、西北大学、中国地质大学。
医药、心理学：清华大学、北京大学、复旦大学、上海交通大学、中国科学技术大学、南京大学、浙江大学、西安交通大学、吉林大学、山东大学、南开大学、四川大学、武汉大学、中山大学、北京师范大学、兰州大学、北京中医药大学、天津中医药大学、南京医科大学、南方医科大学、中国药科大学、沈阳药科大学。