吉首市的高等教育机构主要包括：
吉首大学：
成立于1958年，是一所省属综合性大学，也是武陵山片区唯一的综合性大学。吉首大学在湖南省湘西土家族苗族自治州和张家界市两地办学，校本部位于吉首市。
吉首大学师范学院：
与吉首大学是不同的教育机构，虽然名称相似，但它们是相互独立的。
湘西民族职业技术学院：
成立于2004年，是湘西自治州唯一一所普通高等职业技术院校。
吉首大学是湖南省高水平建设大学，也是湖南省“双一流”建设高校。它拥有丰富的学科门类和强大的师资力量，提供多样化的本科专业和研究生学位教育。