大学中的哲学矛盾通常体现在以下几个方面：
政治论与认识论的矛盾
政府主导的“外铄式”大学制度建设和尊重大学自身属性的“内生性”制度建设之间的矛盾。
办学水平与能力和社会需求之间的矛盾
大学的办学水平和能力与社会发展需求之间的不匹配。
学术权力与行政权力之间的矛盾
学术人员追求学术自由和自治与行政人员追求管理效率和秩序之间的张力。
个体利益与公共利益之间的矛盾
个体追求自身利益最大化与公共利益追求整体社会福利之间的冲突。
客观真理与主观解释之间的矛盾
客观事实和真理的存在与个体主观认知和解释之间的差异。
自由意志与决定论之间的矛盾
人们相信个体具有自主决策和行动的能力与认为所有事件和行为都是前因后果的必然结果之间的矛盾。
实用主义与道德价值观之间的矛盾
基于实用性和功利性的决策和行动与遵循道德准则和指导行为之间的矛盾。
这些矛盾的存在是大学发展过程中不可避免的，理解和处理这些矛盾对于大学的长远发展至关重要。