京都精华大学设有多个学部，主要包括：
艺术学部
造形学科：洋画专攻、日本画专攻、立体造形专攻、陶艺专攻、染织专攻、版画专攻、映画专攻
设计学部
产品设计学科：产品设计专攻、生活设计专攻、视觉传达学科：平面设计专攻、数字媒体专攻
插画学科：插画专攻
建筑学科：建筑设计专攻
漫画学部
漫画学科：卡通专攻、故事漫画专攻、新世代漫画专攻、角色设计专攻、动画专攻
国际文化学部
人文学科：文学専攻、歴史専攻、社会専攻、日本文化専攻
媒体表现学部
多媒体表现学科
人文环境设计项目
专注于人文环境设计的教学和研究
此外，京都精华大学还设有大学院（研究生及博士课程），包括：
艺术研究科
设计研究科
漫画研究科
人文学研究科
京都精华大学以其在艺术和设计领域的专业设置和对漫画专业的专注而闻名，是日本及国际上重要的艺术教育与研究机构之一