南通大学设有多个学院和系，以下是部分系的信息：
1. 地理科学学院
地理系
城市与环境科学系
旅游系
2. 交通与土木工程学院
3. 体育科学学院
4. 公共卫生学院
5. 纺织服装学院
6. 电气工程学院
7. 信息科学技术学院
8. 机械工程学院
9. 生命科学学院
10. 化学化工学院
11. 外国语学院
12. 马克思主义学院
13. 文学院
14. 理学院
15. 政治学院
16. 管理学院
17. 商学院
18. 杏林学院
19. 教育科学学院
20. 医学学院（Nantong University Medical College）
16个系
21. 其他学院和系包括：
数学与统计学院
物理科学与技术学院
教师教育学院
电子信息学院
建筑工程学院
医学院
公共卫生学院
继续教育学院
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