菏泽学院共有三个食堂，分别是锦苑、雅苑和馨苑。以下是各个食堂的特点：
锦苑餐厅
位置：位于学校的东南部，东侧艺术教学实训中心，西临游泳馆与篮球馆。
环境：环境优美，设施齐全。
服务：提供烤肉饭、米线、麻辣烫等多样化的选择。
雅苑餐厅
位置：具体位置未提及，但雅苑有三个楼层都是食堂。
环境：灯光柔和，营造出温馨舒适的用餐氛围。
服务：提供大众快餐、单锅小炒、南北风味、面食面点、风味小吃等服务。
馨苑餐厅
位置：东临天猫超市，南面与老图书馆相邻。
环境：有蒸汽从食堂的窗孔飘出，散发出各种食物的香气。
服务：以小吃型食物为主，二楼可以包桌。
此外，菏泽学院生活服务中心还设有7个学生基本大伙，一个教工餐厅，近200余个风味窗口，提供的服务项目包括大众快餐、单锅小炒、南北风味、面食面点、风味小吃、腌卤凉菜、北方大饼系列、粥类、伊斯兰清真灶等。