马其顿大学提供包括社会科学和人文科学在内的多个领域的课程。具体课程包括但不限于：
经济学
政治学
社会学
管理学
国际关系和欧洲学习
会计和财务
应用信息学院系
教育和社会政策
巴尔干半岛斯拉夫学习方向
音乐科学和艺术
营销和经营管理
科技管理
此外，马其顿大学还设有文学院、理学院、医学院、应用工程学院等，提供如考古、英语、电影研究、历史、现代语言、音乐、哲学、环境学、电子学、微电子学、化学、物理学、地球环境学、护理学、药学、保健学、生物科学、城市环境工程、电子工程、电脑工程、轮船制造、材料学等专业。
请注意，课程内容可能会根据教学计划和学校政策有所更新，建议直接咨询马其顿大学获取最新的课程信息