集美大学提供多种本科专业，涵盖工学、农学、经济学、管理学、教育学、理学、文学、法学和艺术学等9个学科门类。以下是一些主要的专业领域和王牌专业：
国家级特色专业
航海技术
水产养殖学
软件工程
省级特色专业
轮机工程
动物科学
海洋渔业科学与技术
食品科学与工程
武术与民族传统体育
财政学
会计学
小学教育
通信工程
计算机科学与技术
机械设计制造及其自动化
数学与应用数学
其他重要专业
经济学
国际经济与贸易
法学
社会工作
汉语言文学
英语
日语
翻译
教育学
文学
历史学
理学
工学
农学
医学
管理学
艺术学
具体学院和专业设置
航海学院：航海技术、交通运输、物流管理、微电子科学与工程
轮机工程学院：轮机工程、船舶与海洋工程、电气工程及其自动化、船舶电子电气工程
水产学院：水产养殖学、海洋渔业科学与技术、水生动物医学、动物科学、动植物检疫
食品与生物工程学院：食品科学与工程、生物工程、环境工程
体育学院：体育教育、运动训练、社会体育指导与管理、武术与民族传统体育
财经学院：经济学、财政学、金融学、国际经济与贸易、投资学、会计学
教师教育学院：小学教育、学前教育、教育技术学
工商管理学院：工商管理、市场营销、审计学、旅游管理、电子商务
音乐学院：音乐表演、音乐学、舞蹈表演
美术学院：动画、美术学、视觉传达设计、环境设计
信息工程学院：电子信息工程、电子科学与技术、通信工程
计算机工程学院：计算机科学与技术、软件工程、网络工程、信息管理与信息系统
机械与能源工程学院：机械设计制造及其自动化、材料成型及控制工程、机械电子工程、车辆工程、能源与动力工程、建筑环境与能源应用工程
理学院：数学与应用数学、信息与计算科学、应用物理学、自然地理与资源环境
外国语学院：英语、日语、翻译
法学院：法学、社会工作
文学院：汉语言文学、汉语国际教育
工程技术学院：港口航道与海岸工程、工程管理
马克思主义学院
继续教育学院（船员培训中心）
海外教育学院
电影学院
这些专业为学生提供了广泛的学术和职业发展选择。建议学生在选择专业时，综合考虑自己的兴趣、职业规划以及专业的就业前景。