明朝时期南京的著名学府是国子监，它是当时国家的最高学府，并且分为南京和北京两所，分别被称为南雍和北雍。进入国子监学习非常困难，需要经过地方学校的举荐，并通过入学考试，根据成绩“分科”录取。国子监的学生被称为贡生，虽然地位不及通过正规国考上榜的举人或进士，但能进入国子监读书也是一件不容易的事。
在现代，南京的著名大学包括：
南京大学：
简称“南大”，是教育部直属的全国重点大学，历史悠久且声誉卓著。
东南大学：
简称“东大”，位于江苏省会南京，是教育部直属的全国重点大学，也是著名的建筑老八校及原四大工学院之一，是国家“双一流”、“211工程”、“985工程”A类世界一流大学建设高校。
南京农业大学：
坐落于南京，是一所以农业科学与生命科学为优势和特色的教育部直属全国重点大学，是国家“双一流”、“211工程”、“985工程优势学科创新平台”重点建设高校之一。
这些大学都拥有深厚的历史渊源，其中东南大学的四牌楼校区就是明朝时期国子监的所在地