当前参与北斗卫星导航系统建设的高校包括：
1. 国防科技大学 - 作为北斗卫星导航系统的主要参与者，在载人航空方面也做了不少工作。
2. 清华大学 - 参与了北斗卫星导航系统的建设。
3. 北京航空航天大学 - 是我国第一所航空航天大学，在北斗三号全球卫星导航系统建成中有所贡献。
4. 西北工业大学 - 尽管校名中没有航空、航天字样，但学校在航天、航空和航海三航领域出名。
5. 哈尔滨工业大学 - 也参与了北斗卫星导航系统的建设。
6. 南京航空航天大学 - 同样参与了北斗卫星导航系统的相关工作。
此外，还有即将建设的北斗卫星应用管理学院，这是一所国家军民融合项目大学，计划落户常宁市。