三本学校转设为职业大学是否合法，需要考虑多个因素：
国家政策：
国家对于教育机构的转设有明确的政策指导，包括三方同意等要求。如果三本学校未经国家相关部门批准，私自转设为职业学校，则可能违反国家政策，属于不合法行为。
学校性质：
三本学校通常属于独立核算学院，具有半公半私的性质，而职业大学则属于纯公立性质。这种性质的转变需要遵循国家关于教育机构性质转变的相关规定和程序。
文凭效力：
尽管三本学校发放的是正规文凭，但转设后若被视为职业学校，可能会影响文凭的效力和社会认可度。
综上所述，三本学校私自转设为职业大学 不合法。如果遇到此类情况，可以向教育局投诉，以维护自己的合法权益。