金门大学根据不同的地理位置，有不同的院系设置。以下是金门大学在不同地区的院系信息：
台湾地区
管理学院
企业管理学系
观光管理学系
运动与休闲学系
工业工程与管理学系
事业经营研究所
理工学院
食品科学系
电子工程学系
信息工程学系
土木与工程管理学系
人文艺术学院
华语文学系
应用英语学系
都市计划与景观学系
闽南文化研究所
社会科学学院
建筑学系
国际暨大陆事务学系
海洋与边境管理学系
海洋事务研究所
健康护理学院
护理学系
长期照护学系
社会工作学系
美国地区
商学院
财务规划
人力资源
营销心理
供应炼运作
公共行政
法学院
提供法学博士（JD）和法学硕士（LLM）课程
税务学院
提供税务科学硕士（Master of Science in Taxation）和几种毕业证书
信息科技学院
提供本科、硕士及博士课程
请注意，以上信息可能随时间而有所变动，建议直接咨询金门大学获取最新信息