当前水文科学面临的问题主要包括：
教学方法单一：
传统的教学方法以讲述理论、演示原理和计算练习为主，这可能不足以激发学生的思考和创新，并可能使学生感到枯燥，影响学习兴趣。
实践环节缺乏：
实践教学通常局限于实验室，缺乏真实性和实用性，难以让学生真正掌握实际工作所需的知识和技能。
课程内容单一：
当前水文水利课程设置较为单一，主要包括水文学、水力学和水利工程三个主题，这无法满足学生个性化发展的需求，也不能满足现代水文水利业界对专业人才的需求。
专业重复设置和定位不准确：
我国地方高校在办学过程中存在专业重复设置，定位不够准确，人才培养目标脱离现实的问题，这弱化了专业人才的培养。
科研人力和经费不足：
尽管我国对梯级水电开发问题有所重视，但在科研人力和经费投入上仍远远不够，水体污染治理研究也尚未得到充分开展。
缺乏系统的耦合模拟分析平台：
目前的研究多局限于微观群落尺度，综合模拟理论和方法尚未形成，无法满足国家重大科学需求，如水土平衡战略、水资源高效利用、受损生态系统修复等。
水文学研究人员和资源不足：
尽管近年来设立了流域水循环研究室，但从事水文学研究的人员仍然偏少，没有形成研究体系。
缺乏成熟的模拟与管理软件包：
与欧美发达国家相比，我国在模拟与管理软件包的开发上存在较大差距。
为了解决这些问题，建议加强实践教学，提升学生的动手能力；完善实验仪器，开放实验设备；合理配置教学资源，科学进行办学定位；并制定符合实际需求的人才培养目标。这些措施将有助于提高水文科学教育的质量和专业人才的培养水平