京都大学目前共有10个学部，它们分别是：
文学部：
包含文学、史学、哲学及人际学4系，共51个讲座，并设有文学博物馆、中亚研究所等设施。
教育学部：
包含教育学、社会学、心理学3系共14个讲座。
法学部：
仅包含法律学一个系，含有公法、民刑法、基础法学及政治学4科共39个讲座，附属图书馆中设有国际政治法律文献中心。
经济学部：
包含经济学、经营学2系共11个讲座。
理学部：
为京都大学最大的学部之一，几乎包括自然科学各个领域，有数、理、化、生、宇宙、地球科学等9个系共70个讲座，设施包括两个天文台、多个观测所和海洋实验所等。
医学部：
包含基础和临床两大分部的若干系科，共有39个讲座，附属机构有校医院、多个研究所和实验设施。
工学部：
包含24个系168个讲座，研究领域广泛，包括冶金、电气、自动化、航空、机械、原子能、土木建筑、化工、交通、情报工程等，附属机构有离子工程、自动化研究所等。
药学部：
包含药学、制药化学两系共13个讲座，附设有药用植物园。
农学部：
包含10个系53个讲座，并有附属农场、林场、牧场等设施，用于农学研究等。
人类·环境学研究科 、 能量科学研究科、 亚非地区研究科、 信息学研究科、 生命科学研究科、 地球环境学大学院、 公共政策大学院、 经营管理大学院、 综合生存学馆：
这些是京都大学的研究生院研究科，提供更高层次的研究教育。
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