清朝时期并没有现代意义上的大学排名体系，因为大学排名是随着现代教育体系和评价体系的建立而逐渐发展起来的。不过，清朝末期确实出现了一些现代意义上的高等教育机构，这些机构后来有的发展成为著名的高等学府。
下面是一些在清朝末期创办，并在中国高等教育史上具有重要地位的大学：
武汉大学：
其前身是1893年清末湖广总督张之洞奏请清政府创办的自强学堂，1928年定名为国立武汉大学。
天津大学：
其前身为1895年北洋大学，是中国第一所现代大学，由盛宣怀创办。
上海交通大学：
创建于1896年，原名南洋公学，1911年更名为南洋大学堂，1929年更名为国立交通大学，1949年更名为交通大学。
四川大学：
起源于1896年创办的四川中西学堂，1902年组建为四川大学堂，年底又改名为四川高等学堂，是四川大学的正源。
浙江大学：
前身是1897年创办的求是书院，1928年定名国立浙江大学。
北京大学：
其发起人为光绪皇帝，1898年成立，是中国近代第一所国立大学。
山东大学：
成立于1901年。
这些大学在清朝末期的创立，标志着中国高等教育开始向现代化转型，并为后来的发展奠定了基础。