奎屯市的高等教育机构包括：
伊犁师范大学（北校区）：
这是一所历史悠久的本科院校，前身是1948年成立的新疆省立伊犁专科学校，经过发展，于2018年12月经教育部批准更名为伊犁师范大学。
新疆兵团农七师行政学院：
奎屯市有两所大学，其中一所是伊犁师范大学（北校区），另一所是新疆兵团农七师行政学院。
新疆应用职业技术学院：
这是一所公办全日制普通高等职业院校，提供技术技能型人才的培养，服务当地社会经济发展。
奎屯开放大学：
这所开放大学是专门针对成人教育的大学，提供成人本科、专科、中专学历教育。
建议：
如果主要关注普通本科教育，伊犁师范大学是主要选择。
对于需要技术技能型人才，新疆应用职业技术学院是一个很好的选择。
成人教育方面，奎屯开放大学提供多种学历层次的教育。