重庆有以下大学进行了合并：
重庆大学：
在2000年，原重庆大学与重庆建筑大学、重庆建筑高等专科学校三校合并，组建成新的重庆大学。
重庆建筑大学：
在2000年5月31日，重庆建筑大学与重庆建筑高等专科学校合并，形成了新的重庆大学。
重庆建筑高等专科学校：
同样在2000年5月31日，重庆建筑高等专科学校与重庆建筑大学合并，形成了新的重庆大学。
重庆医科大学中医药学院：
由重庆医科大学中医药学院、重庆市中医院、重庆市中药研究院、重庆市药物种植研究所整合组建，于2023年6月入列重庆本科高校。
重庆市肿瘤医院：
在2017年，重庆市肿瘤医院并入重庆大学。
这些合并案例中，重庆大学的合并是最为重要和知名的一次，它通过整合三所学校的资源，进一步提升了其作为高水平研究型综合性大学的地位。