中国历史上曾有一些大学在特定的历史时期经历了特殊的命运，它们在经历了院系调整或其他变迁后，有的被撤销，有的被并入其他学校，有的则转型或更名。以下是一些例子：
燕京大学
成立于1916年，由四所美国及英国基督教教会联合在北京开办。
曾与哈佛大学合作成立哈佛—燕京学社，在国内外享有盛誉。
1952年中国高校院系调整中被撤销，其资产和建筑被北京大学、清华大学等接收。
辅仁大学
成立于1925年，由罗马教廷创办，与北大、清华、燕京并称北平四大名校。
1952年中国高校院系调整中被撤销，其人员与系所编制分别并入北京大学、北京师范大学等。
齐鲁大学
成立于1904年，由多个基督教教会联合开办，被称为“华北第一学府”。
1952年中国高校院系调整中被并入山东大学、山东师范大学等。
中央民族大学
前身为1941年建立的民族学院，1951年组建中央民族学院。
1952年成为中央民族大学，由教育部直属，享有特殊照顾。
山西大学
曾是国内前十的顶尖高校，但在教育资源匮乏的年代逐渐失去辉煌。
近年来在双一流建设中成功入选，复兴之路注入新活力。
吉林大学
曾以其庞大的规模和卓越的学术水平闻名。
南开大学
曾与北大、清华和复旦大学并称为“四大强校”。
这些大学中，有的因为历史原因或政策调整而经历了重大变化，有的则在新的教育政策下找到了新的发展方向。