厦门大学设有多个学院和系，以下是部分系的列表：
1. 人文学院
中国语言文学系
历史学系
哲学系
人类学与民族学系
2. 经济学院
经济学系
财政系
金融系
国际经济与贸易系
3. 管理学院
会计学系
企业管理系
管理科学系
旅游系
4. 新闻传播学院
新闻学系
广告学系
5. 外文学院
英语语言文学系
欧洲语言文学系
日本语言文学系
法语语言文学系
6. 艺术学院
美术系
音乐系
7. 工程技术学院
飞行器系
动力工程系
机电工程系
仪器与电气系
自动化系
8. 化学化工学院
化学系
化学生物学
化学工程与工艺
生物工程
9. 物理与机电工程学院
物理学系
微电子学
电子信息科技
测控技术与仪器
机械设计制造及其自动化
飞行器动力工程
10. 国际关系学院
国际政治专业
11. 法学院
法学专业
12. 社会与人类学院
人类学
社会学
13. 公共事务学院
政治学与行政学
行政管理
社会学
社会工作
14. 数学学院
数学与应用数学系
信息与计算科学专业
15. 马克思主义学院
马克思主义理论专业
16. 体育教学部
体育相关专业
17. 继续教育学院
继续教育相关专业
18. 海洋与地球学院
海洋生物科学与技术系
海洋化学与地球化学系
物理海洋学系
应用海洋物理与工程系
地质海洋学系
19. 环境与生态学院
环境科学系
生态学系
环境与生态工程系
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