日本音乐学院的专业设置主要分为四个方向：演奏、指挥、作曲和声乐。具体专业如下：
本科阶段
作曲系：作曲专业、音乐学专业。
声乐系：声乐专业。
器乐系：钢琴专业、风琴专业、管乐专业、弦乐专业、日本传统音乐专业。
音乐系（注重实践、演奏方向）：作曲专业、声乐专业、器乐专业。
研究生阶段
作曲系：作曲研究、音乐学研究。
声乐系：歌剧研究、歌曲研究。
器乐系：钢琴研究、管/弦/打击乐器研究。
此外，一些院校还提供更为细致的专业方向，例如：
东京艺术大学：声乐、器乐、作曲、指挥、乐理、音乐环境创造等。
国立音乐大学：音乐表演、声乐、音乐创作、歌剧、键盘乐器等。
东京音乐大学：声乐、钢琴、风琴、大提琴、键盘、作曲、指挥、小提琴等。
大阪音乐大学：作为关西唯一的音乐专业单科大学，设有声乐、器乐（钢琴、弦乐、管打乐）等专业。
建议根据个人兴趣和职业规划，选择适合的专业和院校进行深入研究和申请。