上智大学的专业设置非常全面，涵盖了从神学到文学、法律、经济等多个领域。以下是部分专业列表：
本科专业
神学部：神学科
文学部：哲学科、史学科、国文学科、英文学科、德国文学科、法国文学科、新闻学科
综合人类科学部：教育学科、心理学科、社会学科、社会福祉学科、看护学科
法学部：法律学科、国际关系法学科、地球环境法学科
经济学部：经济学科、经营学科
外国语学部：英语学科、德语学科、法语学科、西班牙语学科、俄语学科、葡萄牙语学科
国际教养学部：国际教养学科
大学院专业
神学研究科：神学专攻（博士前期课程）、组织神学专攻（博士后期课程）
哲学研究科：哲学专攻
文学研究科：史学专攻、国文学专攻、英美文学专攻、德国文学专攻、法国文学专攻、新闻学专攻、文化交涉学专攻
综合人类科学研究科：教育学专攻、心理学专攻、社会学专攻、社会福祉学专攻、看护学专攻（修士课程）
法学研究科：法律学专攻、法曹养成专攻（专门职学位课程；法科大学院）
经济学研究科：经济学专攻、经营学专攻
上智大学的专业设置注重跨学科研究，例如GSGES研究科关注环境问题，结合社会科学和自然科学进行研究。此外，上智大学的新闻学科是日本最古老的传统学科之一，以高偏差值和难度著称。