当前南通本科大学排名如下：
南通大学：
位列首位，是南通市内唯一的一所综合性大学，拥有较好的教学资源和学术研究水平。
江苏师范大学科文学院：
以文学、教育学为主，多学科协调发展。
南通理工学院：
以工程教育为主，兼顾其他学科。
南通大学杏林学院：
以医学教育为主，也有其他学科。
南通大学如皋学院：
是一所综合性本科院校。
南通大学江海学院：
以工程教育为主。
南通理工学院海安学院：
同样以工程教育为主的应用型本科院校。
南通大学紫琅学院：
以医学教育为主。
南通大学滨江学院：
以文学、教育学为主。
南通理工学院如皋学院：
同样以工程教育为主。
这些高校在南通市具有较高的影响力和知名度。