仙居县拥有一些知名的专科大学和高等教育机构，以下是部分较为知名的教育机构：
仙居职业技术学院
专注于技术型人才培养
设有专业：机电工程、电子信息、计算机科学等
浙江商业职业技术学院
专注于商业、管理、旅游、文化艺术等方面的人才培养
仙居医学高等专科学校
专注于医疗卫生人才的培养
设有专业：临床医学、护理、医学检验等
浙江体育职业技术学院
专注于体育类人才的培养
设有专业：运动训练、体育教育、体育管理等
仙居旅游职业技术学院
专注于旅游管理、酒店管理等方面的人才培养
浙江开放大学仙居学院
提供文化教育设施
华东师范大学附属仙居学校
与华东师范大学合作，提供优质教育资源
台州学院文化旅游与大健康产业学院
与台州学院协作共建，提升应用型人才培养质量
仙居县的教育资源还包括台州学院、台州职业技术学院、台州广播电视大学等。此外，仙居县也与华东师范大学合作，建立了附属学校，进一步提升了当地的教育质量