南通大学的王牌专业包括：
机械工程及自动化
自动化
体育教育
英语
生物科学
预防医学
电子信息工程
医学影像学
思想政治教育
历史学
计算机科学与技术
教育学
物理学
通信工程
汉语言文学
小学教育
非织造材料与工程
临床医学
护理学
电气工程及其自动化。
从录取分数线的角度看， 临床医学专业是南通大学最好的专业之一，录取分最高。此外，从学科全球排名的角度，临床医学、神经科学与行为学、工程学、药理学与毒理学、生物学与生物化学、化学、材料科学、分子生物与遗传学、计算机科学等9个学科进入ESI学科全球排名前1%。
综合考虑，南通大学的最佳专业包括：
临床医学（推荐指数：4.6，194人推荐）
机械工程及自动化
自动化
电子信息工程
计算机科学与技术
电气工程及其自动化
汉语言文学
小学教育
护理学
预防医学
这些专业无论是从学术声誉、录取分数线还是就业前景来看，都是南通大学的优势专业。建议学生在选择专业时，可以优先考虑这些专业。