南通大学的重点专业包括：
临床医学：
培养具备基础医学和临床医学基本理论及医疗预防基本技能的医学高级专门人才。
电气工程及其自动化：
国家特色专业、国家一流专业建设点、教育部“十二五”综合改革专业、省高校重点专业等。
英语：
国家特色专业。
汉语言文学：
国家特色专业、省级品牌专业。
预防医学：
国家特色专业、省级品牌专业、省级特色专业。
机械工程及其自动化：
省级特色专业。
自动化：
国家一流专业建设点、省高校重点专业、省卓越工程师试点专业等。
建筑电气与智能化 、 机器人工程、 人工智能：
新开设的专业，适应国家战略性产业发展需求。
信息与通信工程：
省级重点学科。
教育学：
省级重点学科。
纺织科学与工程：
省级重点学科。
特种医学：
省级重点学科。
计算机科学与技术：
省级品牌专业。
纺织工程：
省级品牌专业。
体育教育：
省级品牌专业。
生物科学：
省级品牌专业。
这些专业在教学、科研和人才培养方面都有显著优势，涵盖了医学、工学、文学、理学等多个学科领域。建议学生在选择专业时，可以综合考虑自己的兴趣和职业规划，选择最适合自己的发展方向。