古代南京的著名大学包括：
国子监：
作为明朝开国都城，南京一直设有国子监，这是国家的最高学府，其传说地点在今天的四牌楼、碑亭巷一带。
国立中央大学：
其前身是三江师范学堂，由张之洞署理两江总督时于1902年创立。经过多次更名和发展，于1950年更名为南京大学。
南京大学：
南京大学的历史可以追溯到1902年创建的三江师范学堂，后续经历了多个阶段的发展，最终于1950年定名为南京大学。
金陵大学：
金陵大学成立于1888年，是一所以文、理学院为主的老牌学府，与南京大学有着深厚的历史渊源。
南京航空航天大学：
其前身是1952年创建的南京航空工业专科学校，是中国最早的一批航空高等院校之一。
南京理工大学：
由1953年创建的中国人民解放军军事工程学院分建而成，经历了多个发展阶段，于1993年更名为南京理工大学。
这些大学在不同历史时期为南京乃至全国培养了大量优秀人才，对中国近现代教育的发展产生了深远影响。