大学超市存在的问题主要包括以下几个方面：
价格竞争问题
校园内两家超市在泡面加工费以及其他配菜收费上存在显著差异，导致价格竞争激烈。例如，济大超市的泡面加工服务定价高达10元，而六食堂超市的收费更为亲民，仅需3.5元。这种价格差异引发了济大超市的不满，并试图通过威胁等手段迫使六食堂超市提高收费，最终导致六食堂超市老板撤场。
商业竞争无序
校园超市之间的竞争可能涉及不正当手段，如利用关系或其他手段排挤竞争对手。这种行为不仅损害了其他商家的利益，也可能影响学生的消费体验和学校的整体商业环境。
管理问题
校园超市需要专业知识和经验进行有效管理，否则可能面临货物过期、损失等问题。此外，管理不善还可能导致商品价格虚高、服务质量下降等问题。
合作关系问题
校园超市需要与学校后勤管理部门密切合作，遵守学校政策和规定。然而，在实际操作中，可能会出现因管理不善或利益冲突导致的合作问题，影响超市的正常运营。
消费者需求不稳定
大学生消费群体多变，需求不稳定，可能导致校园超市的销售波动较大。此外，学生在消费时更注重性价比和便利性，这对校园超市的经营提出了更高的要求。
监管不力
校园超市的价格监管需要加强，防止出现价格虚高、虚假宣传等问题。同时，监管部门也需要对校园超市的经营行为进行有效监督，确保其合法合规经营。
综上所述，大学超市在经营管理方面存在诸多问题与挑战，需要学校、超市管理方和监管部门共同努力，加强合作与监管，以维护校园商业环境的公平、透明和有序。