三墩地区拥有多所高等教育机构，其中包括：
浙江大学紫金港校区：
浙江大学的一个主要校区，位于杭州市西湖区三墩镇。
杭州师范大学钱江学院：
位于杭州市三墩镇，提供包括会计在内的多个专业教育。
浙江长征职业技术学院：
位于杭州市三墩镇，以会计专业为特色，注重实践操作。
浙江金融职业学院：
虽然不位于三墩镇，但距离较近，以会计专业的高知名度和强师资队伍著称。
三墩职业技术学校：
也被称为浙江大学，是一所历史悠久的全国重点大学，属于211和985工程重点建设高校。
浙江广播电视大学：
提供多种教育形式，包括自考等。
交通职业技术学院：
未来计划在三墩附近建立新校区。
杭州师范学院附属中学：
提供中等教育。
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