截至2024年，石河子大学设有多个专业，涵盖工、理、农、医、文、法、经、管、艺等多个学科门类。以下是一些主要的专业：
化学化工学院
化学
应用化学
材料科学与工程
化学工程与工艺
环境工程
经济与管理学院
经济学
财务管理
工商管理
市场营销
国际经济与贸易
人力资源管理
物流学
审计学
机械电气工程学院
机械设计制造及其自动化
农业机械化及其自动化
电气工程及其自动化
工业工程
信息科学与技术学院
计算机科学与技术
电子信息工程
信息管理与信息系统
软件工程
水利建筑工程学院
水利水电工程
土木工程
建筑学
给排水科学与工程
医学院
临床医学
护理学
预防医学
口腔医学
医学影像学
医学检验技术
农学院
农学
农林经济管理
种子科学与工程
植物保护
农业资源与环境
园艺
设施农业科学与工程
林学
园林
动物科技学院
动物科学
动物医学
药学
师范学院
教育学
学前教育
科学教育
应用心理学
数学与应用数学
物理学
地理科学
外国语学院
英语
俄语
阿拉伯语
波斯语
文学艺术学院
汉语言文学
广播电视学
新闻学
音乐学
美术学
艺术设计学
视觉传达设计
体育学院
体育教育
运动训练
此外，石河子大学还有多个王牌专业和卓越人才培养计划项目试点专业，如化学工程与工艺、农学、农业机械化及其自动化、动物科学、汉语言文学、教育学等。
建议学生在选择专业时，可以综合考虑自己的兴趣、职业规划以及学校的学科优势，选择最适合自己的发展方向。