新疆南疆地区包括巴音郭楞蒙古自治州、阿克苏地区、喀什地区、克孜勒苏柯尔克孜自治州和和田地区，这些地区共有以下本科大学：
新疆科技学院- 位于库尔勒市，是自治区人民政府举办的省属普通高等学校，也是国家级产教融合试点。
新疆理工学院- 位于阿克苏地区。
喀什大学- 位于喀什地区，是一所历史悠久、学科门类齐全、办学特色鲜明的现代化综合性大学。
新疆和田学院- 位于和田地区，为当地提供本科教育。
新疆天山职业技术大学（克州校区）- 位于克孜勒苏柯尔克孜自治州，提供职业技术教育。
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