南京拥有多所著名大学，其中包括但不限于以下几所：
南京大学- 教育部直属的全国重点大学，位列“世界一流大学建设高校A类”。
东南大学- 教育部直属的全国重点大学，是著名的建筑老八校及原四大工学院之一，属于“211工程”、“985工程”和“双一流”A类世界一流大学建设高校。
南京农业大学- 教育部直属的全国重点大学，以农业科学与生命科学为优势和特色，属于“双一流”、“211工程”和“985工程优势学科创新平台”重点建设高校之一。
南京航空航天大学- 工业和信息化部直属的综合性全国重点大学，以理工类为主，属于“211工程”和“985工程优势学科创新平台”重点建设高校。
此外，南京还有其他高等教育机构，如南京师范大学、南京财经大学、南京中医药大学、南京理工大学紫金学院、南京邮电学院、南京工业技术学院、南京信息职业技术学院等。
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