菲律宾大学的专业设置非常全面，涵盖了从本科到博士的不同层次，以及多个学科领域。以下是部分专业设置的详细情况：
美术学院
美术学士学位
美术硕士学位
绘画
雕刻
视象传播学（Visual communication）
工程学院
计算机科学
化学工程
土木工程
电气工程
大地测量工程
工业工程
机械工程
冶金工程
矿业工程
水利资源和工业工程（毕业证书专业）
法学院
法学学士
法学硕士
音乐学院
作曲
乐器
音乐教育
音乐学
声学
指挥（学士学位专业）
教育学院
教育学（本科）
教育艺术（本科）
教育学（硕士）
教育哲学（博士）
商业管理学院
商业管理学士
商业管理与会计学士
商业管理硕士
博士学位专业
统计中心
统计学学士
统计学硕士
统计学博士
劳工与劳资关系学院
劳资关系（毕业证书专业）
比较劳资关系
人力资源开发
劳工—管理关系
劳工政策与管理（硕士学位专业）
行政管理学院
行政管理学士
行政管理硕士
行政管理博士及专业学位
建筑学院
建筑学
园林建筑
室内设计（与家政学院合办）
家政学院
室内设计
服装工艺
社区营养
食品工艺
家政学
饭店餐馆管理
家庭生活与儿童开发
食品服务管理
食品科学和营养学
家庭生活与儿童开发（哲学博士学位专业）
图书馆研究所
图书馆学学士
图书馆学硕士
图书馆学博士
经济学院
商业经济学士
经济学士
经济学硕士
经济学哲学博士
大众传播学院
传播艺术学士
传播艺术硕士
传播学哲学博士
城市与地区规划学院
城市与地区规划硕士
城市与地区规划博士
亚洲研究中心
菲律宾研究（含官僚政治、外交关系、社会与文化等3个专业方向）
菲律宾研究艺术（3个专业方向同前）
菲律宾研究哲学博士（3个专业方向同前）
社会工作与社区开发学院
社会工作
社区开发（学士、硕士和毕业证书）
伊斯兰教研究所
伊斯兰研究学士
伊斯兰研究硕士
人体动力学学院
体育教育（学士、硕士和毕业证书）
舞蹈
运动（毕业证书专业）
亚洲旅游业研究所
旅游科学学士
艺术与文学院
艺术研究
比较文学
英语
英语研究
菲律宾语
菲语研究
菲律宾文学
西班牙语
戏剧艺术
戏剧语言
欧洲语言（包括德语、俄语、意大利语等）
理学院
生物学
化学
地质学
教学
物理学
应用物理学
分子生物学与生物工艺学
计算机科学（与工程学院合开）
社会科学与哲学学院
地理学
心理学
社会学
政治科学
哲学
语言学