上海公务员考试中相对冷门的岗位包括：
中医学类：
中医学专业的毕业生通常更倾向于去医院工作，因此考公务员的人数较少。公务员岗位对中医学类专业的需求也较少，通常仅在卫生局、中医药管理局、市场监督管理局等有限部门有合适的专业岗位。
海洋科学类：
海洋科学专业是一个综合性学科，研究海洋的自然现象、性质及变化规律以及开发利用。这类专业毕业生一般更倾向于去研究机构工作，公务员对口岗位也较少。
农教育类：
农艺教育类隶属于农学门类，主要培养农业科学教育和研究方面的人才。公务员中对该门类专业的限定岗位几乎没有，且该专业本身比较冷门，开设的学校也较少。
考古类：
考古类专业性强，就业方向较窄，本科生毕业后多数继续深造。每年公务员对考古类专业的招录数量极少，一般仅在考古所、文物局、博物馆等单位工作。
小语种外文专业：
虽然外语岗位在公务员考试中较多，但一般要求为英语语种。小语种如阿拉伯语、德语、法语等在国考中外交部有相应岗位招录，但岗位数量极少，因此属于冷门专业。
监狱系统岗位：
监狱系统岗位由于其工作性质的特殊性，许多考生往往对其望而却步。然而，这些岗位考试难度相对较低，福利待遇优厚，职业发展前景广阔。
联合会岗位：
联合会岗位涉及各行业的协会、学会等组织，虽然考试难度较低，竞争压力小，但工作环境和福利待遇一般。
人防办岗位：
人防办是人民防空的主管部门，负责组织实施人民防空工作。虽然岗位冷门，但具有广阔的发展空间和稳定的职业前景，提供丰富的培训和学习资源。
这些岗位由于专业要求、工作性质或行业特点等原因，相对来说报名人数较少，竞争压力较低。建议对以上专业感兴趣或有志于从事相关工作的考生可以考虑报考这些冷门岗位。