金门大学提供的专业包括但不限于以下几个领域：
商学院（Edward S. Ageno School of Business）
会计
商业管理
金融
人力资源管理
市场营销
心理学
公共管理
项目管理
供应链管理
财务规划
信息技术
法学院（School of Law）
法学博士（JD）
法学硕士（LLM）
税务学院（School of Taxation）
税务科学硕士（Master of Science in Taxation）
信息技术学院
计算机科学
网络管理
软件工程
人文艺术学院
华语文学系
应用英语学系
都市计划与景观学系
社会科学学院
建筑学系
国际暨大陆事务学系
海洋与边境管理学系
健康护理学院
护理学系
长期照护学系
社会工作学系
其他专业
艺术管理
运作与供应链管理
综合类市场营销（共关营销）
卫生服务
公共行政管理和法律
金门大学的课程设计注重理论与实践相结合，旨在培养学生适应商业环境的能力，提升在商业市场中的竞争力。学校获得了美国西部院校联盟（WASC）的认证，并且其在线学位项目被USNews评为全美最优秀的在线学位之一