邳州拥有多所高等教育机构，其中包括：
江苏开放大学邳州办学点：
提供本专科学历教育，免试注册入学，网络时时可学。
江苏省运河师范学校：
运河高等师范学院，位于邳州市，是苏北地区唯一的省级“师范生素质教育基地”。
徐州市广播电视大学邳州市分校：
提供多种层次和专业的学历教育，包括本科和专科。
江苏建筑职业技术学院·邳州学院：
与江苏建筑职业技术学院合作，开启了邳州中等专业学校职业教育的新篇章。
车辐中等专业学校：
与江苏省运河高等师范学校一同，提供各类教育服务。
此外，邳州的学生还有机会被如南京大学、东南大学等9所综合评价录取A类试点高校录取。