在公务员考试中，如果应试人员被发现有违纪违规行为，考试工作人员会按照以下步骤操作：
查实情况：
工作人员会核实应试人员的违规行为。
记录证据：
工作人员会如实记录违规事实，并收集保存相关证据材料。
告知内容：
工作人员会告知应试人员记录的内容，并要求其签字确认。
拒绝签字处理：
如果应试人员拒绝签字，会有两名以上工作人员记录拒签情况。
签字确认：
违纪违规记录需要经过考点负责人签字认定后，才会报送至考试机构或者考试主管部门。
法律依据：
整个处理过程遵循《国家教育考试违规处理办法》等相关法律规定，确保公开、公平、合法、适当。
陈述和申辩：
如果报考者对所认定的违纪违规事实有异议，可以向作出处理的机关（机构）进行陈述和申辩。
请确保遵守考试规则，诚信参考。