菲律宾拥有多所教会大学，以下是其中几所著名的教会大学：
菲律宾圣保罗大学（Saint Paul University Philippines， 简称SPUP）
成立于1907年，是菲律宾一所规模庞大且有着全面教育的私立教会大学。
主校区位于菲律宾卡加延省土格加劳市，是菲律宾排名前五的综合性大学之一。
亚洲三一大学（Trinity University of Asia）
始建于1963年，是菲律宾最古老的大学之一。
2006年更名为亚洲三一大学，成为亚洲最好的基督教大学之一。
圣托马斯大学（University of Santo Thomas）
创立于1611年，是亚洲地区最古老的大学，也是世界上最大的单一校园区的天主教大学。
位于菲律宾马尼拉，是菲律宾最古老的天主教大学。
这些教会大学在菲律宾乃至亚洲都享有较高的声誉，提供从学士到博士的各种课程，并在教育、研究和社区服务方面做出了显著贡献。