熊本大学的专业设置包括本科和研究生专业，具体如下：
本科专业
文学部 法学部
教育学部
医学部
药学部
理学部
工学部
综合人间学部
信息情报学部
小学校教员养成
中学校教员养成
特别支援学校教员养成
养护教论养成学
地域共生社会
生涯运动福祉
信息媒体发展研究
应用科学
信息与图书馆学
生物资源科学
信息科学
生物学
日语语言文化研究
化学
数学
比较文化研究
综合国际科学
护理
地球科学
障碍科学
工程系统
31. 科学教育学
32. 人文社会
33. 工程物理
34. 社会研究
35. 心理学
研究生专业
文学研究科
法学研究科
教育学研究科
自然科学研究科
社会文化科学研究科
学校教育
特殊支援教育
教科教育
公共政策学
现代社会人类学
文化学
教授系统学
复合新领域科学
信息电气电子工学
物质生命化学
唯物工学
机械系统工学
特色专业
医学：
生命科学与医学专业位居世界第351位，日本国内第16位。
药学：
药学与药理学专业位居世界251-300位，日本排名12名。
教育：
教育学等专业在日本国内有很高的声誉。
其他信息
研究设施：
生命科学研究院内设3个分部，13个主要部门，77个研究部门。
学术地位：
熊本大学作为日本旧六医大之一，拥有悠久的教学历史和学术传统。
这些专业涵盖了广泛的学术领域，从人文科学到社会科学，再到自然科学和医学，满足了不同学生的需求。建议学生在选择专业时，可以综合考虑自己的兴趣和职业规划，以及专业的学术地位和就业前景。