台南市拥有多所著名大学，以下是部分主要大学的列表：
台南大学：
简称南大，是一所综合大学，包含教育学院、人文学院、理工学院、环境与生态学院等。
国立成功大学：
简称成大，是南台湾最重要的综合性研究型大学，以理工科闻名。
国立台南艺术大学：
提供艺术专业的教育和研究。
台南神学院：
提供神学相关的教育。
台南科技大学：
专注于技职教育。
国立交通大学（台南校区）：
提供理工科教育。
台湾首府大学、 长荣大学、 真理大学（麻豆校区）、 康宁大学、 兴国管理学院等也是台南市内的知名教育机构。
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