吉首大学的最佳专业包括：
国家级特色专业：
音乐学、生物科学、工商管理。
国家级综合改革试点专业：
软件工程。
国家级“卓越农林人才教育培养计划”专业：
园林。
省级特色专业：
新闻学、体育教育、音乐学、舞蹈学、食品科学与工程、生物科学、工商管理、市场营销。
省级重点专业：
新闻学、汉语言文学、体育教育、食品科学与工程、物理学、生物学、工商管理、音乐学。
湖南重点建设学科：
省优势特色重点一级学科为民族学，省重点一级学科包括民族学、哲学、应用经济学、生态学、体育学。
一流本科专业建设点：
软件工程、汉语言文学、物理学、旅游管理、武术与民族传统体育、化学、计算机科学与技术、法学、英语等。
根据以上信息，可以得出以下结论：
软件工程：吉首大学最好的专业之一，既是国家级特色专业，也是国家级综合改革试点专业，投档线为539分。
临床医学：投档线为539分，与软件工程并列排名第一。
电子信息工程：投档线为537分，排名第三。
通信工程：投档线为536分，排名第四。
统计学：投档线为532分，排名第五。
机械设计制造及其自动化：投档线为532分，排名第六。
金融工程：投档线为526分，排名第七。
物理学（师范类）：投档线为526分，排名第八。
生物科学（师范类）：投档线为526分，排名第九。
土木工程：投档线为524分，排名第十。
建议：
如果你对音乐、生物科学或工商管理感兴趣，这些专业不仅是国家级特色专业，而且在省内外都有很高的声誉。
软件工程作为国家级一流专业建设点，就业前景广阔，是吉首大学最热门的专业之一。
临床医学和电子信息工程也是吉首大学的强项，投档线较高，显示出其受欢迎程度。
请根据个人兴趣和职业规划，选择最适合自己的专业。