南京工程学院的优势专业包括：
自动化：
自动化专业是南京工程学院的王牌专业之一，也是国家级特色专业。
热能与动力工程：
该专业也是南京工程学院的国家级特色专业。
电气工程及其自动化：
电气工程及其自动化专业是南京工程学院的王牌专业，也是国家级特色专业、教育部卓越工程师教育培养计划专业，以及江苏省品牌专业之一。
机械设计制造及其自动化：
该专业是省级重点建设学科和国家级特色专业。
材料科学与工程：
材料科学与工程专业也是南京工程学院的优势专业之一。
电子信息工程：
电子信息工程专业在南京工程学院中也比较受欢迎。
计算机科学与技术：
计算机科学与技术专业也是南京工程学院的热门专业之一。
市场营销：
市场营销专业在南京工程学院中有一定的优势。
信息管理与信息系统：
该专业也是南京工程学院的优势专业之一。
材料成型及控制工程：
材料成型及控制工程专业是南京工程学院的王牌专业之一。
建议根据个人兴趣和职业规划来选择适合的专业。如果对电力系统和自动化感兴趣，电气工程及其自动化专业是一个非常好的选择。如果对机械设计和制造感兴趣，机械设计制造及其自动化专业也是一个很好的选择。此外，材料科学与工程、电子信息工程和计算机科学与技术等专业也都是南京工程学院的优势专业，可以根据个人兴趣进一步了解。